İlçe tarihi eski bir geçmişe sahiptir. Adını bu yöreye verilen Valeşkerd (Aleşkerd / Eleşkirt) sözündün almıştır. Asıl adı Zedikan dır. Eleşkirt, Ağrı il merkezinin batısında kalan bölgeninve buradaki ovanın adıdır. Bu bölge adı, sonradan ilçeye verilmiştir.
Eleşkirt in tarihi Urartulara kadar uzar. Zira Pirabat ve Toprakkale, Urartulardan kalma önemli bir yerleşim merkezleridir. Urartular zayıflanınca burası Medler tarafından iran topraklarına katıldı.
Eleşkirt, Murat vadisinin Erzurum a geçit veren batı ucunda olduğu için, iran ve Kafkaslar ileAnadolu arasında bir köprü niteliği taşıdı. Bu sebeple tarih boyunca orduların geçtiği, bazen de savaştığı bir alan oldu. Toprakkale ve verimli Eleşkirt ovası; Arsaklılar, Romalılar, Sasaniler, Araplar, Bagratlılar, Bizanslılar, Selçuklular, Moğollar, ilahlılar, Celayırlılar, Karakoyunlular ve Akkoyunlular egemenliğinde kaldı. 1064 te çağrı Bey in oğlu Yakuti bey tarafından fethedildiği halde, zaman zaman iranlıların işgaline uğradı. Timurlulardan şah Ruh ile Karakoyunlu hükümdarı Kara Yusuf ve oğulları arasında mücadelelere sahne oldu. Yavuz Sultan Selim döneminde Safeviler den alınıp Osmanlı topraklarına katıldı (1514).
İlçe Osmanlı idaresi altında bulunduğu süre içinde önceleri Van, sonra da Erzurum eyaletine bağlanan Beyazıt Sancağının ocağı olarak yönetildi. Beyazıt Sancağının Erzurum a bağlandığı sırada 5 bucak, 115 köyden meydana gelen bir kaza haline getirildi. 1828, 1856 ve 1877 1878 Osmanlı Rus savaşlarında bir süre Rusların eline geçti. Eleşkirt 1877-1878 harbinde savaş alanı oldu. Tatlıoğlu Mehmet Paşa nın savunduğu bölge, Paşa nın şahadeti üzerine Rus ordularının kontrolüne girdi (7.6.1878). Savaşta yenik sayıldığımız için Ağrı topraklarının büyük bir kısmı ile birlikte Eleşkirt de, 1878 Yeşilköy Antlaşması ile Ruslara bırakıldı. Daha sonra Berlin Kongresinde bu karar düzeltilerek, ilçe Osmanlı Devleti ne geri verildi. 16 ocak 1914 de tekrar Ruslarca işgal edildiyse de 16 Nisan 1918 de geri alındı.
Toprakkale 1687 yılında ilçe olmuştur. 1925 te ilçe merkezi Zedikan a taşında ve adı Eleşkirt oldu. Cumhuriyet in ilk yıllarında Beyazıt a bağlıyken, sancakların kaldırılması ve 1927 yılında Ağrı nın vilayet merkezi olmasıyla buraya bağlandı.
İlçe nin ayakta kalabilen en önemli tarih yapısı, Mirza bin Abdi tarafından 1687 tarihinde yaptırılan Toprakkale köyündeki Toprakkale Camii dir. Camii korunma altına alınmış ve 1967 yılında onarım görmüştür. Aynı köyde bir de kale vardır ki, Urartulardan günümüze kadar birçok uygarlıklardan izler taşımaktadır.
İLK ÇAĞDA ELEŞKİRT
Trabzon-Ağrı transit karayolları üzerinde yer alan Eleşkirt İlçesi köklü bir tarihe sahiptir.Eleşkirt ilçesi varlığını en eski Devirlerden beri sürdürmeye devam etmiştir.
Bir çok kültür ve medeniyet eserlerini taşıyan bölgenin tarihi oldukça eskidir. İ.Ö 2000'li yıllardan önce kuzeyde küçük Asya'ya gelen Akad'larla Amurru'lar Bilindiği kadarıyla bölgenin ilk sakinleridir.Bunlar daha sonraları Luvi'ler ve Hitit'ler takip etmişlerdir.Bölgeye daha sonraları Gutiler,Ur devleti.Amurru'lar sahip olmuşlardır.Sonraki yıllarda bölge Hitit'lerle Hurri'ler arasında egemenlik Savaşlarına sahne olmuştur. İ.Ö 1115 yıllarında Karadeniz tarafında gelip Mezopotamya'yı işkal etmek isteyen Muşki'ler bölgeye egemen olmuşlarsa da egemenlikleri Sami Aramilerinin bölgeyi istila etmesiyle son bulmuştur. M.Ö.900-600 yılları arasında Urartu'ların hakimiyet alanında kalan Eleşkirt Eski Urartu krallığının sayılı kalelerinden biridir.Eleşkirt daha sonra Asur'lular hakimiyeti altına girmiş ve Med'lerle Asur'lular hakimiyeti arasındaki hakimiyet mücadelelerine sahne olmuştur.O tarihten sonra güney Kafkasya'dan Anadolu'ya girmek isteyen Bütün ordular için geçiş yeri olan zaman içerisinde o devrin süper güçleri Persler ve Roma (Bizans) imparatorluğu arasında el değiştirmiştir.İ.Ö.334 tarihinde büyük İskender'in Çanakkale boğazını geçip Hindistan'a kadar uzanan fetih hareketleri sonucunda Eleşkirt de alınmış ve Roma hakimiyeti alanında Helenistik kültüre dahil olarak bazen Romalıların bazen de bölgedeki Ermeni krallıkların hakimiyetinde kalmıştır.
HUN TÜRKLERİ
Atlı-göçebe Saka Türk'lerinin Doğu Anadolu'ya gelmeleriyle Eleşkirt bölgesi ilk kez Türklerle ve onların hakimiyetleriyle tanışmıştır.Saka Türklerinin İranlılara yenilmesi ve Sakaların Arsaklı'larla işbirliğine gitmeleri sonucunda anavatanları Doğubeyazıt-Eleşkirt bölgesi olan Küçük Arsaklar devleti kurulur.Bu devirde Eleşkirt ovasının adı Bagravand'dır.İ:S:60-225 tarihleri arasında Ortaasyadan batıya doğru yayılma amacında olan Luşan orduları da kısa sürelide olsa bölgenin sakinlerinden olmuştur.395 tarihinden sonra Kafkasları geçerek Anadolu'ya giren Batı Hun'larını doğu bölümü başbuğlarından Kursık ve Basık'ın Eleşkirt'ten geçerek Erzurum üzerinden Fırat ve Karasu havzaları yoluyla Malatya ve Çukurova'yı ele geçirmeleriyle Eleşkirt Bölgesi İlk Türk akınlarıyla karşılaşmıştır.398 yılında Roma imparatorluğunu baskı altına alan Hun'lar böylece Anadolu'yu ele geçirmişlerdir
SELÇUKLULAR DÖNEMİNDE
750 yılında itibaren de Abbasi nüfuz sahası içerisine girmişlerdir.1054 yılında itibaren Türk akınlarıyla Karşılaşan bölge Tuğrul Bey ve Çağrı Bey'in oğlu Yakuti Bey tarafından Türk idaresi altından alınmıştır.(1064)Anadolu beyliklerinden Saltuklular'ın nüfuz bölgesinde kalan Eleşkirt daha sonraları Sökmenliler(Ahlatşahlar)'in egemenlik sahasında kalmışlardır
OSMANLILAR DÖNEMİNDE
Osmanlı hakimiyetine Yıldırım Beyazıt zamanında giren Eleşkirt bölgesi daha sonra Celayir'lilerin eline geçmiştir.Bundan sonra İlhanlı ve Timurluların saldırılarına maruz kalan bölge Timurlulardan Şahruh ve Kara Yusuf'un çocukları arasındaki mücadelelere sahne olmuştur.Karakoyunlu hükümdarı İskender Mirza 1421 tarihinde Eleşkirt yakınlarında yapılan savaşta Timurlulardan Şahruh'u yenmesiyle birlikte bölgedeki Karakoyunlu hakimiyeti pekişir.Eleşkirt Karakoyunlu ve Akkoyunlular'ın hakimiyetinden kaldıktan sonra kısa bir sürede Safevi hakimiyetine geçmiştir.İmparatorluk devrinde bazen Van çoğunlukla Erzurum eyaletine bağlanan Bayezid sancağı mülhakatından olarak bir ocaklık olarak yönetilmiştir